Со времени Средневековья о Тимбукту в Европе было известно как о сказочно богатом городе. В конце XVIII в. европейские исследователи предприняли несколько попыток обнаружения когда-то крупнейшего в Сахеле торгового центра. В 1795 и в 1805 гг. Мунго Парк в составе Африканской Ассоциации попытался обнаружить город и одновременно исследовать устье реки Нигер. Возможно, М. Парк стал первым европейцем побывавшем в городе, но он умер на территории Нигерии, не успев письменно изложить увиденное. В 1824 г. Французское географическое общество предложило приз в 10 тыс. франков тому не-мусульманину, кто сумеет побывать в городе, вернуться и изложить информацию об увиденном.
В сентябре 1826 г. Александр Гордон Ленг достиг Тимбукту, но был убит мусульманским торговцем, опасавшимся европейского проникновения и завоевания.
В 1989 году глинобитные здания в центре города были поставлены под охрану ЮНЕСКО как памятник Всемирного наследия, а в 2000 году правительство Люксембурга и ряд международных фондов запустили проект по сохранению и изучению многочисленных средневековых рукописей, которые хранятся в Тимбукту и его окрестностях. Их общее число исчисляется сотнями тысяч; древнейшие восходят к XII веку.
В 1990е гг. Тимбукту среди прочих городов Мали и Нигера был охвачен восстанием туарегов
