К концу XVI века количество насельников монастыря капуцинов значительно возросло, и возникла необходимость в достойном и вместительном кладбище для братии. Для этой цели была приспособлена крипта под монастырским храмом. В 1599 году здесь был погребён брат Сильвестро из Губбио, а затем сюда были перенесены останки нескольких ранее скончавшихся монахов. В дальнейшем помещение крипты стало тесным, и капуцины постепенно вырыли длинный коридор, в котором вплоть до 1871 года помещались тела умерших монахов.
Благотворители и жертвователи монастыря также выражали желание быть похороненными в Катакомбах. Для их захоронения были вырыты дополнительные коридоры и кубикулы. Вплоть до 1739 года разрешение на погребение в Катакомбах выдавали архиепископы Палермо или руководители ордена капуцинов, затем — настоятели монастыря. В XVIII-XIX веках Катакомбы капуцинов стали престижным кладбищем для духовных лиц, дворянских и буржуазных семей Палермо.
Катакомбы капуцинов были официально закрыты для погребений только в 1882 году. За три века на этом своеобразном кладбище было захоронено около 8 000 жителей Палермо — духовенства, монахов, мирян. После 1880 года по исключительным прошениям в Катакомбах были положены ещё несколько усопших, в том числе вице-консул США Джованни Патернити (1911) и двухлетняя Розалия Ломбардо, нетленные тела которых являются главными достопримечательностями катакомб.
Уже в XVII веке выяснилось, что особенность почв и атмосферы Катакомб капуцинов препятствуют разложению тел. Основным методом приготовления тел к размещению в Катакомбах стало высушивание их в специальных камерах (Collatio) в течение восьми месяцев. После этого срока мумифицированные останки омывали уксусом, облачали в лучшие одежды (иногда, согласно завещаниям, тела переодевали несколько раз в год) и помещали непосредственно в коридорах и кубикулах Катакомб. Часть тел помещалось в гробы, но в большинстве случаев тела вывешивали, выставляли или укладывали в открытом виде в нишах или на полках вдоль стен.
Во время эпидемий метод сохранения тел видоизменялся: останки умерших погружали в разбавленную известь или растворы, содержащие мышьяк, а после этой процедуры тела также выставлялись на обозрение. В 1837 году размещение тел в открытом виде было запрещено, но, по желанию завещателей или их родственников, запрет обходили: в гробах удаляли одну из стенок или оставляли «окошки», позволяющие видеть останки.
Самой известной частью Катакомб является часовня святой Розалии (до 1866 года была посвящена Богородице скорбей). В центре часовни в стеклянном гробу покоится тело двухлетней Розалии Ломбардо (умерла в 1920 году от воспаления легких). Отец Розалии, тяжело переживавший её смерть, обратился к известному бальзамировщику доктору Альфредо Салафии с просьбой сохранить тело дочери от тления. В результате успешного бальзамирования, секрет которого Салафия так и не раскрыл, тело сохранилось нетленным. Остались невредимыми не только мягкие ткани лица девочки, но и глазные яблоки, ресницы, волосы.
В кубикуле, примыкающей к часовне, находится ещё несколько идеально сохранившихся тел. В их числе тело молодого человека с огненно-рыжими волосами, нескольких священников, а также вице-консула США Джованни Патернити (умер в 1911 году), единственного захороненного в Катакомбах гражданина США.
Для удобства ориентировки залы разбиты на категории: мужчины, женщины, девственницы, дети, священники, монахи и "профессии".
Коридор монахов представляет собой исторически самую древнюю часть Катакомб. Захоронения производились здесь с 1599 по 1871 годы. В правой от нынешнего входа части коридора (закрыта для посещения) помещены тела 40 наиболее почитаемых монахов и лиц, так или иначе связанных с религией.
